乳酪在生產過程中，如果加工方法不當，消毒不徹底，處置不衛生，又沒有加鹽或鹽量過低，貯藏的環境不良等，都可能被微生物污染并大量生長繁殖而引起乳酪不同程度的敗壞。乳酪可因不同微生物的作用而發生下述變質現象：
1、發霉 霉菌在乳酪表面生長繁殖，引起發霉并呈現霉菌菌落的各種顏色。
2、變味 由于魚桿菌與乳卵菌分解乳酪脂肪的卵磷脂，產生三甲胺，發生魚腥味。也有一些雜菌能引起腐敗味、麥芽味、苦味、金屬味等。
3酸敗 熒光假單胞菌、靈桿菌、乳卵菌、枝孢菌等，能產生脂肪酶和蛋白酶，將脂肪水解產生酪酸和已酸等脂肪酸，使乳酪發生酸敗現象，散發出酸臭氣味。
4、變色 有些產色素的細菌，能使乳酪變色。如玫瑰紅球菌使乳酪變成粉紅色，紫色產色菌或牛酪產色桿菌使乳酪變成紫色，黑色單胞菌使乳酪產生黑色，熒光假單細胞菌可使其變為綠色。