◆生物技術（畢業生73人）
擁有作物生物技術博士學位授權點及生物技術、細胞生物學、遺傳學及生物化學與分子生物學等二級碩士學位授權點，為吉林省特色專業。該專業以現代生物技術及產業化、生物反應器與細胞工廠生產、長白山生物資源開發利用為特色培養具備寬厚的生物學的基本理論、基礎知識和基本技能，掌握現代生物技術研發和產品生產的基本技能和研究方法能夠運用分子生物學等研究技術，在現代農業生物技術領域從事科學研究、技術研發、生產和產品質量控制等工作的復合型創新人才。
◇◇主要課程：基因工程原理，基因工程操作技術，細胞工程，微生物學，細胞生物學，生物化學，分子生物學，遺傳學、生物資源學，微生物學，生物制藥，發酵工程，酶工程等。
◆生物工程（畢業生92人）
擁有生物工程和生物物理學2個碩士授權學科，為吉林省特色專業和品牌專業。本專業以農產品生物轉化與生物發酵為特色培養具備現代生物工程理念，掌握發酵工程、酶工程、生物工程及其產業化技術，能夠從事與生物工程領域有關的設計、生產和新技術研究、新產品開發等工作的應用型人才。
◇◇主要課程：細胞生物學、生物化學、微生物學、微生物遺傳學、化工原理、酶工程、發酵工程、生化工程、工程識圖與制圖等。
◆制藥工程（畢業生92人）
擁有制藥工程專業碩士學位授權點和微生物學二級碩士學位授權點，專業堅持“以農為本、以藥為綱、以工為重點”的辦學理念，以生物制藥為優勢特色，強化學生生物制藥相關理論知識和實踐技能的培養，多方位為學生提供實驗、實習、實訓、科技創新、工程設計等方面的實踐平臺。該專業主要培養掌握生物藥物及制劑的生產工藝、生產操作、產品質量控制等方面技術，能運用所學知識從事生物藥物研發、生產、藥品質量控制、生產管理等工作的應用型人才。
◇◇主要課程：藥學導論、化工原理、藥物化學、藥物分析、藥劑學、藥理學、制藥設備與車間設計、制藥工藝學、基因工程、生物技術藥物學、疫苗學、新藥研發案例分析等。
◆生物技術（中外合作辦學）（畢業生81人）
學校與意大利卡麥力諾大學合作舉辦生物技術專業本科教育項目于2012年6月獲得國家教育部批準。項目采取“4+0”形式，即學生在吉林農業大學完成四年學習（成績優異者可在本人自愿基礎上采取“3+1”形式，由學校選派赴意大利完成績第四年學年課程學習），專業核心課程（占課程總數50%以上）由意方派教師用英語授課。學生完成規定課程考試合格，達到中國吉林農業大學和意大利卡麥力諾大學畢業學士學位授予條件的，分別頒發兩校的本科畢業證書學士學位證書（按意大利教育部規定，該校兩證合一，為一張證書）。意大利卡麥力諾大學頒發的學位具有歐盟國家認證資格，獲得該校學位項目學生可直接申請歐美高校碩士研究生。
◇◇主要課程：（意）細胞生物學和細胞生物技術、（意）免疫與與寄生蟲學、（意）繁殖生理學、（意）產品與普通微生物學、（意）臨床診斷與分子應用、（意）食品化學與加工、（意）微生物遺傳、基因工程原理、基因工程操作技術等。
